Собственно, сразу вопросы:
1. на сколько достоверна (или актуальна) информация в "Справке Экспресс" на данном сайте и как объяснить, через полчаса после отправления поезда с начальной станции "Справка" показывает наличие большого количества мест как с начальной станции, так и с некоторых промежуточных, но в реальности свободных мест не больше 2-3 в вагоне.
2. известно, что после отправления с начальной станции проводники собирают информацию о свободных местах и куда-то затем передают: куда передают, как передают, как быстро передают, появляется ли эта информация в "Экспрессе" и в каком виде (в таком-то вагоне такие-то места, или в таком-то вагоне столько мест, или во всем поезде столько-то мест в купейных вагонах, сколько-то в плацкартных)?
3. если смотреть в "Справке Экспресс" на этом сайте информацию о наличие мест в поезде, который уже в пути, что будет выдавать система: информацию на завтрашний поезд или реальную информацию с учетом "свободных" мест, переданных проводниками уже по ходу движения поезда?
4. позволяет ли система "Экспресс" уточнять номера свободным мест и почему данная операция так не нравится работникам касс (их любимый ответ - если будете брать, посмотрю)?
5. можно ли и где это можно узнать информацию по определенному поезду следующего характера: как по станциям распределяются места для продажи, почему на определенным промежуточных станциях можно купить билеты с местами, а на некоторых нельзя (можно ли это обойти?), какая бригада обслуживает поезд в определенный день?
6. на сколько сильно отличаются системы "Экспресс-2", "Экспресс-3" и "Экспресс-УЗ" в плане возможностей для кассира?
7. существуют ли какие-нибудь программные эмуляторы этих систем или руководства по использованию, доступные широкой общественности?

1. Информация актуальна и достоверна. Другое дело - разные брони и зайцы, которых везут проводники (бронь может быть нераскуплена, а в реальности пустые полки заполняются зайцами). Могут быть и другие особенности - приведите конкретный пример и вам все объяснят.
2. То, что передается, в систему не заносится и служит лишь информацией для контроля. Билеты по этим данным не продаются.
3. Система выдает реальное количество свободных мест.
4. Не всегда. Обычно это можно сделать, если касса относится к станции отправления поезда (иногда - к железной дороге отправления). Кассирам не нравится эта операция потому, что нужно делать лишние движения.
5. Как по станциям распределяются места для продажи: нужно посмотреть схему состава поезда (на этом сайте такой справки нет, но она есть бесплатно на exp2.i-koleso.ru и за деньги на www.express-2.ru), если есть вагоны с переменным трафаретом, то от станции переменного трафарета в продажу будут доступны указанные места. Если переменного трафарета нет, то билеты продаются без указания мест. Исключение - украинские поезда киевского формирования. Обойти это никак нельзя (разве что взять билет от ранней станции, с которой билеты продаются с указанием мест, а сесть на своей (но при этом есть риск, что ваше место будет занято, так как проводник может на него посадить пассажиров, купивших билеты без мест).
Какая бригада обслуживает поезд, узнать из экспресса невозможно.
6. Точно не знаю, но вроде вообще не отличаются.
7. Мне не известно о таких.

[Фыва Цукен]

7. существуют ли какие-нибудь программные эмуляторы этих систем или руководства по использованию, доступные широкой общественности?

а какие опции интересуют? если просмотр пути следования, расписание по станции или поиск оптимального пути между станциями, то можно воспользоваться компьютерной программой "маршрут" (лежит на www.marshrut.com.ua)