Подскажите, а в каких это правилах прописан этот самый 3-х часовой интервал? Насколько я знаю, 3 часа - это только распоряжение, касающееся кассиров и не разрешающее в одной кассе продавать билеты на согласованные поезда с интервалом менее 3-х часов. Т.е. здесь РЖД просто страхует само себя от возможных конфликтных ситуаций в случае опоздания поездов. А в "Правилах перевозки пассажиров..." про 3 часа нет ни слова, зато есть следующее:
...При опоздании согласованных поездов (поезда, на которые билетным кассиром оформлены проездные документы (билеты) одновременно) по вине железной дороги выданный пассажиру проездной документ (билет), оформленный от другой станции, сохраняет свое действие и подлежит переоформлению на ближайший поезд, следующий до станции назначения, указанной в проездном документе (билете).
При отказе пассажира от поездки и возврате им проездного документа (билета) ввиду опоздания согласованных поездов стоимость проезда и сборы возвращаются полностью. Сбор за операцию по возврату проездных документов (билетов) при этом не взимается.
В случае опоздания пассажира на поезд дальнего или местного следования из-за задержки прибытия поезда пригородного сообщения, подтвержденной справкой об опоздании поезда пригородного сообщения, билетом на поезд пригородного сообщения или документом, подтверждающим право на бесплатный проезд, проездной документ (билет) сохраняет свое действие и подлежит переоформлению на ближайший поезд. Если пассажир отказывается от поездки, стоимость проезда и сборы возвращаются полностью. Сбор за операцию по возврату проездных документов (билетов) не взимается.
Т.е. по правилам, если вы умудрились-таки в одной кассе купить билеты с разницей менее трех часов, деньги должны вернуть. Кстати, покупка через сайт РЖД или ТТС никак не оговорены. И в правилах по покупке билетов через сайт РЖД также про 3 часа ни слова нет. Т.е., если билеты куплены через сайт или ТТС с разницей меньше 3 часов, деньги по правилам должны вернуть. Точно также, должны вернуть деньги в том случае, если вы не успели на поезд из-за опоздания ПРИГОРОДНОГО поезда, причем разница по времени между поездами по расписанию в правилах никак не оговаривается. Понятно, что если разница была в 2 минуты, тут шансов нет, даже через суд. А вот если в 15 минут - уже вопрос, возможно суд и решит дело в вашу пользу, если удасться доказать, что этого времени вполне хватило бы на пересадку в случае прибытия поезда по расписанию. При этом хочу отметить, что в ПТЭ конкретно записано, что "Нарушение графика движения поездов не допускается".
Вопрос еще в том, позволяет ли система "Экспресс-3" чисто технически оформить возврат полной стоимости билета уже после отправления поезда. Если да, тогда, наверное, этот вопрос можно как-то даже на месте решить через старшего кассира, делая упор на правила. Если технически в "Экспрессе" не заложена такая операция - тогда только в претензионном порядке, или через суд.