По-моему, вы, Ирина, сами не разобрались до конца.
Вот смотрите, вы пишите:
купила билеты на фирменный поезд "Башкортостан" - 3 билета туда и обратно в купе,Самара- Москва, Москва - Самара. В кассе. Заплатила 21 тысячу
29 мая 2014 года Самара – Москва, поезд № 39.
В продаже вагон № 4 (купе с услугами) за 3761,5, но в этом вагоне в настоящий момент все места свободны.
Соответственно покупали в купейный вагон без услуг. Полная стоимость одного билета 3192,5.
14 июня 2014 года Москва – Самара, поезд № 40.
В продаже купейный вагон с услугами 2У (полная стоимость 4231,3) и без таковых за 3259,3.
Если обратно вы брали купе без услуг, то 21 тысяча без скидок не получается:
- в Москву 3192,5*3 = 9577,5
- из Москвы 3259,3*3 = 9777,9
9577,5 + 9777,9 = 19 355,4
Т.е. даже при выкупе без всяких скидок 3 билета туда и 3 обратно они стоят меньше заявленной вами 21 тысячи.
Если же вы обратно покупали купе с услугами, то без скидок получается:
- в Москву 3192,5*3 = 9577,5
- из Москвы 4231,3*3 = 12 693,9
9577,5 + 12 693,9 = 22 271,4
Т.е. если бы вы покупали 3 билета туда и 3 обратно без всяких скидок, то вместе они должны стоить больше заявленной вами 21 тысячи.
Понятно, что, указывая 21 тысячу, вы округляете до близкого значения, но в вашем случае оно (округление) было бы 22 тысячи. Хотя, конечно, вы можете округлять как вам удобнее

.
Из всего этого, у меня складывается ощущение, что скидку вам всё-таки сделали. Ведь она применяется к билетной части, а не к общей стоимости с учетом услуг.
Хотя, конечно, могу и ошибаться. Интересно, какая стоимость у вас на билетах указана.