Поездом безопаснее, это действительно так. Безопаснее чем самолетом и даже автобусом. Даже при том, что поезд тот шел под 180 кмч, никто не погиб (сплевываю).
Насчет того, что теперь очень долго - да, полотно разрушено, но это же не навсегда! За пару недель все восстановят, и будет все как прежде.
Насчет минимального времени - тут надо определиться. Скоростные поезда типа ЭР-200 и Невского идут за 4,5-5 часов. Аврора - за 6 Но они дорогие. Другие варианты - ночные поезда. Вечером выезд - рано утром прибытие, ночью выезд - утром прибытие. Правда, не выспишься в них особо - такая вот дистанция и скорость поезда неподходящая

(
Но тут уже надо решать по обстаятельствам.
Еще совет - избегайте 800-х поездов на этом маршруте. Это навороченные электрички с мягкими креслами (одна из них при этом идет ночью) с ценою как за скоростной поезд но идущие те же 8 часов что и стандартные. То есть если в Эрке и Невском деньги платишь за скорость то в 800-х - не за что!