Но вопрос по сути поднят верно!
Ж/дорожники оформляют безденежный билет, т.е. учет оказанных им услуг в пасс./км есть. По прошествии отчетного периода ППК делает сводный отчет о пасс./км для ж/дорожников, умножает это число на полную рыночную стоимость проезда и выставляет счет РЖД. Не забывая уменьшать, одновременно, на эту сумму размер компенсации региона.
Но это в теории
А на самом деле, чтобы организовать нормальный учет необходимо функции обилечивания передать заказчику, т.е. региону. Заодно убрав соответствующую статью расходов у ППК. Ибо регион - заказчик. Регион оплачивает курсирование пригородных поездов, он же должен производить обилечивание, борьбу с безбилетниками, да и вообще, повышать привлекательность перевозки путем проведение маркетинговых исследований, введением гибких графиков уменьшая и увеличивая стоимость проезда в зависимости от спроса и конкурентных преимуществ каждого конкретного направления и поезда (это конечно же потребует проработки со стороны Службы по тарифам введения "ценового коридора" взамен фиксированному тарифу).