С бесплатными пересадками (я сейчас не только про рельсовый транспорт) всё сложно.
Если они есть — пассажиры заплатят одинаково, независимо от расстояния, это несправедливо по отношению к едущим недалеко, зато такой подход позволяет пассажирам ехать как удобно, а не как меньше пересадок.
Если их нету — оплата зависит от количества пересадок за поездку, которое коррелирует с длиной поездки, но довольно-таки слабо, и заставлять кого-то платить в 2 или 3 раза больше за ненамного большее расстояние тоже как-то неправильно. И ещё требуется больше маршрутов, чем в предыдущем варианте, что тоже плохо.
Конкретно в случае электричек и метро хорошо подошла бы покилометровая оплата по всей системе, это самый справедливый вариант, но она потребует проходить через турникеты ещё и на выходе из метро, и её не получится распространить на остальной городской транспорт.
Можно придумать какие-нибудь зоны в масштабах города. В отличие от предыдущего варианта, это сработает с наземным транспортом, но система получается сложная и неочевидная.
Наверное, есть ещё какие-то варианты, надо изучать мировой опыт.
Лично я в случае СПб за две зоны, город и пригород, с бесплатными пересадками. Ориентировочно — 50₽ по городу, 35₽ по пригороду, 70₽ из пригорода в город, но надо найти статистику поездок, чтобы посчитать точнее. В любом случае, ставить цены надо так, чтобы общая выручка осталась прежней, так что попрошу без криков "Грабят!". Кому-то станет дороже, кому-то дешевле.