Кто -нибудь знает через какие страны идет поезд Прага-Москва после станции Жилина (Словакия). Пересекает ли поезд границу с Чехией? или только с Польшей, а затем с Белоруссией.

Поезд Прага - Москва не проходит через станцию Жилина. Через эту станцию проходит только вагон Братислава - Москва, который затем (уже на территории Польши) прицепляется к поезду Прага - Москва. Поэтому для проезда в этом вагоне оформление чешской транзитной визы НЕ ТРЕБУЕТСЯ (видимо, именно с этим был связан Ваш вопрос). Страны, через которые следует вагон - Словакия, Польша, Белоруссия, Россия.