Экспресс-2 продавала места всегда с 1-го вагона заданной категории с наличием места, отвечающего указанным требованиям (не обязательно у него был меньший номер, вагоны могли быть введены в систему, например, в таком порядке: 4, 5, 6, 7, 3). Например, при приведенной схеме ввода я запрашивал нижнюю небоковую полку без указания границы мест. Если в 4-м вагоне таких свободных мест не было, а в 5-м были места 1, 3, 31, 33, 35, я бы получил в 5-м вагоне место 1 (пример 1), если бы в 4-м вагоне были места 33, 35, я бы получил место 33 в 4-м вагоне (пример 2). Экспресс-3 стала "умнее", алгоритм выбора места действительно стал выдавать места "по умолчанию" так, чтобы они тратились наиболее "кучно". То есть я бы и в примере 1, и в примере 2 получил бы место 31 в 5-м вагоне (так как оно оставляет наибольшее количество свободных парных нижних мест). При этом раньше было так, что продажа в абсолютно свободный вагон начиналась с 21-го места, сейчас уже давно не следил, но кажется, что с 29-го.
По поводу "объединения маршрутов" - полагаю, что приоритет в примере Тамбов - Мичуринск действительно есть, то есть в первую очередь продаются места, которые уже заняты от Мичуринска, а среди них первым к продаже будет место в наиболее занятое купе (отсек, пару). Но абсолютно не уверен, что если есть два места, одно из которых продано на участке Тамбов - Мичуринск, а другое - Тамбов - Москва, то при попытке купить еще билет Тамбов - Москва система не подсадит нового пассажира к Мичуринскому (это по анализу высадки с поездов, следующих транзитом через Москву, там часто бывает много "непарных" нижних мест - видно, что покупались билеты до Москвы задолго, когда выбор мест был, но не объединились в пары).